У вертикальній структурі водозбору виділяють три основні функціонально відмінні ділянки: верхню, середню та нижню. Для більшості річок України є те, що верхні ділянки водозбору – це зона формування приток 2-3 і більшого порядків (це території, де формується основний річковий стік, її головною особливістю є густа гідрографічна мережа). Середні та нижні ділянки відіграють меншу роль у формуванні річкового стоку, проте зазнають більшого впливу самої річки. Саме тут під дією весняних паводків у заплаві формується складна система водно-болотних угідь.
Оптимальною є така вертикальна просторова організації земель у басейні, коли частка природних земель складає у верхів’ї 30-50%, в середній течії – 20-30%, у пониззі не менше 10-15%. Витоки річок – є найуразливішим місцем водозбору. Саме тому частка природних чи близьких до них територій у басейні річки має бути найбільшою на верхніх ділянках, поступово зменшуючись від витоків до гирла (зверху вниз). Сільськогосподарське навантаження мають відчувати лише середні та нижні ділянки річки, де самоочисні механізми річкової екосистеми працюють більш ефективно.
Беззаперечним є і той факт, що без вилучення із господарського вжитку земель, безпосередньо прилеглих до річища, неможливо говорити про «екологічно доцільну» просторову структуру. Ці ділянки є природоохоронними та водоохоронними територіями, господарська діяльність на яких регулюється і має чітко визначені обмеження.
Водоохоронні території вздовж річок України (так звані прибережні захисні смуги та водоохоронні зони) визначаються відповідно до положень Водного та Земельного Кодексів України. Для поновлення природного стану водоохоронних територій, оптимізація просторової структури має передбачати вилучення земель прибережних захисних смуг із господарчого вжитку та відновлення на них природної рослинності. Проте окреслені Водним кодексом межі прибережних захисних смуг (для малих річок, струмків і потічків, а також ставків площею менше 3 га – 25 м; для середніх річок, водойм на них, а також ставків площею понад 3 га – 50 м; для великих річок, водосховищ на них та озер – 100 м) є дуже спрощеними. У такому вигляді ці території не в змозі повною мірою виконувати водоохоронну функцію. Численні розробки фахівців вказують на те, що зводити водоохоронні смуги до однакових за шириною вздовж різних за геологічною структурою, гідрологічним та гідробіологічним режимом ділянок водотоку абсурдно. Структура водоохоронних зон річки залежить від цілої сукупності чинників, ширина цих територій, насамперед, має змінюватися залежно від геолого-гідрологічних та гідробіологічних умов (табл. 2).